La obra instrumental La crea a lo largo de toda su vida de compositor; el período más fecundo será el que pasa como director de la música de corte junto a Léopold de Anhalt. De esta época son sus principales obras instrumentales, como los Conciertos de Brandeburgo y las suites para orquesta. De sus numerosos conciertos para distintos instrumentos solistas, se distinguen por su originalidad los que están dedicados al clave —de uno a cuatro solistas—, que resultaban una fórmula nueva en la música. Dentro de la creación cameristica, Bach compone sonatas para flauta o violín e incluso viola y bajo continuo. Para el clave ha dejado un número elevadísimo de piezas. Como organista virtuoso que era, confirió a la música para órgano hondura y encanto en los preludios y fugas e imprimió un impulso religioso a sus corales. Por fin, nos deja obras de un gran interés técnico, como el Clave temperado, la Ofrenda musical y El arte de la fuga.